Năm 1955, Ban Tôn giáo trung ương được thành lập, trực thuộc Ban Nội chính của Chính phủ; cơ quan này có chức năng chủ yếu là làm đầu mối liên hệ với các tôn giáo qua phương thức vận động. Cũng trong năm này, Sắc lệnh 234/SL được ban hành đề cao quyền tự do tín ngưỡng của người dân, nhưng cũng yêu cầu các chức sắc tôn giáo đề cao ý thức bảo vệ pháp luật và lòng yêu nước của tín đồ.[1]

Năm 1964, cơ quan này đổi tên thành Ban Tôn giáo Phủ thủ tướng trực thuộc Thủ tướng phủ; nhiệm vụ chính vẫn là vận động tôn giáo.

Năm 1977, sau khi thống nhất, Chính phủ Việt Nam đã ban hành nghị quyết Về hoạt động tôn giáo[2] nhận được sự ủng hộ của các tôn giáo lớn tại Việt Nam, Hội đồng Giám mục Việt Nam đã đặt ra định hướng hoạt động là "Sống phúc âm giữa lòng dân tộc để phục vụ hạnh phúc đồng bào", còn Giáo hội Phật giáo Việt Nam thì đưa ra khẩu hiệu: "Đạo pháp - Dân tộc - Chủ nghĩa xã hội".

Năm 1985, Ban Tôn giáo được thành lập, trực thuộc Chính phủ; từ năm 1993, cơ quan này mang chức năng quản lý hoạt động tôn giáo. Năm 2003, cơ quan này đổi tên thành Ban Tôn giáo Chính phủ, vẫn trực thuộc Chính phủ; năm 2015, cơ quan này được chuyển sang trực thuộc Bộ Nội vụ; mang chức năng quản lý và thực hiện các dịch vụ công về tôn giáo.[3]